1.เรือนไทยมหิดล
(อาคารระเบียบ คุณะเกษม) มีเรื่องเล่าว่า มีคนงานก่อสร้างประสบอุบัติเหตุขณะกำลังลงเสาเข็ม โดยคนงานคนนั้นถูกค้อนตอกเสาเข็มทับเสียชีวิต ไม่อาจชี้ชัดได้ว่าเป็นเสาเข็มของเสาต้นไหน แต่มีการปรากฎของดวงวิญญาณอยู่เป็นระยะ ๆ ท่านใดสงสัยก็ลองไปหาดูได้ว่า ท่านจะพบเห็นดวงวิญญาณที่เสาต้นไหน ในการทำบุญของสถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเชียปีหนึ่ง มีการนิมนต์พระสงฆ์มาบำเพ็ญกุศลตามปกติ แต่ในขณะที่พระกำลังทำน้ำมนต์นั้น ก็มีพระรูปหนึ่งเกิดอาการชักกระตุก สั่นไปทั้งตัว และน้ำลายฟูมปาก อาจารย์และนักศึกษาในที่นั้นได้เห็นกันทุกคน หลักจากสวดบททำน้ำมนต์เสร็จ พระสงฆ์ที่นั่งอยู่รูปแรกได้นำน้ำมนต์มาสาดใส่พระรูปที่กำลังชักอยู่พร้อมว่าไปด้วยว่า “วันนี้เป็นวันพิธีมงคล ผีก็อยู่ส่วนผี อย่ามาทำให้เกิดความยุ่งยาก ทำให้อาการของพระรูปนั้นสงบลง และเมื่อเสร็จสิ้นพิธีแล้ว ท่านก็ปะพรมน้ำมนต์ทั่วเรือนไทย กระทั่งมาหยุดที่เสาต้นหนึ่งแล้วถามอาจารย์ที่ถือบาตรน้ำมนต์ว่า เคยมีใครเห็นอะไรเป็นพิเศษที่เสาต้นนี้ไหม ซึ่งเสาต้นนั้นเป็นต้นที่เกิดอุบัติเหตุคนงานเสียชีวิตนั่นเองนอกจากนั้น ยังเรื่องเล่าจากนักศึกษาที่เคยเข้ามาหาที่สงบอ่านหนังสือในบริเวณเรือนไทย ด้วยเป็นพื้นที่ที่สงบเงียบ เขาจึงอ่านหนังสือด้วยความเพลิดเพลินจนถึงเวลาเย็น เมื่อเริ่มเก็บหนังสือ ก็เหลือบเห็นวัตถุสีดำเป็นเส้น ดูคล้ายเส้นผมปลิวอยู่ เขาจึงเข้าไปดูใกล้ ๆ จึงเห็นเป็นผมของผู้หญิงคนหนึ่ง ใส่ชุดไทย กำลังห้อยหัวลงมาบริเวณเสาของเรือนไทย พร้อมกับแสยะยิ้มเห็นฟันสีดำขลับให้ ทำให้นักศึกษาคนนั้นตกใจกรีดร้องและหมดสติไปตรงนั้น ต่อมามีเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยเข้ามาช่วยให้คืนสติได้ และหลังจากนั้น นักศึกษาคนดังกล่าวก็ไม่กล้าเข้ามายังเรือนไทยอีก
2.เพลงรักน้อง
“เจ้านกน้อยล่องลอยโผบิน จากแผ่นดินทะเลสีคราม ความเหงาเอยเหมือนคอยเหยียบย่ำ ให้ทรมา….” เชื่อว่าหลาย ๆ คนคงเคยได้ยินหนึ่งในเพลงสันทนาการประจำมหาวิทยาลัยมหิดล ที่ตำนานสยองขวัญเกี่ยวข้องมากมาย เป็นต้นว่า เพลงนี้ถูกแต่งขึ้นโดยนักศึกษาพยาบาล เป็นจดหมายอำลาให้กับชีวิตที่ไม่สมหวัง ก่อนที่จะกระโดดจากดาดฟ้าหอพักลงมาเสียชีวิต และยังปรากฎตัวให้รุ่นน้องเห็นอยู่เป็นประจำ มีตำนานหนึ่งเล่าว่าเมื่อรุ่นน้องร้องเพลงนี้แล้ว จะต้องร้องให้จบ หากร้องไม่จบจะเป็นการเรียกนักศึกษาคนนั้นให้มามาร้องเพลงนี้ต่อ และปรากฎร่างขณะกำลังร่วงจากดาดฟ้าลงสู่พื้นดินด้านล่างให้คนที่ร้องได้เห็น และอีกตำนานหนึ่งที่ว่าเป็นนักศึกษาแพทย์คนหนึ่ง มีความกดดันเรื่องการเรียนและการเข้าสังคมมาก จึงได้เขียนท่อนแรกของเพลงนี้ไว้ที่กระจก แล้วกระโดดจากดาดฟ้าหอ ๖ ลงมาเสียชีวิต และเธอก็ยังออกมาร้องไห้วนเวียนให้เห็นอยู่เป็นประจำ… แต่นั้นก็เป็นตำนานของเพลงที่เล่าสืบกันมาอย่างไม่ค่อยถูกต้องเท่าไหร่นัก เพราะเพลงนี้ถูกแต่งโดย พี่จิ้น เภสัชกรกุลศักดิ์ เรืองคงเกียรติ รุ่นพี่คณะเภสัชศาสตร์ ที่แต่งเพื่อระลึกถึงความลำบากในขณะที่หลบหนีเข้าป่าจากเหตุการณ์ ๖ ตุลาคม ๒๕๑๙ และถ่ายทอดความรู้สึกคิดถึง ความปราถนาดีให้กับหญิงอันเป็นที่รัก แต่ไม่สามารถอยู่ด้วยกันได้อีก ในปัจจุบันได้ใช้เพลงนี้เป็นเพลงหลักในกิจกรรมรับนักศึกษาใหม่ของมหาวิทยาลัยมหิดล และใช้ชื่อกิจกรรมรับนักศึกษาใหม่ว่าตามชื่อเพลงว่า กิจกรรม “รักน้อง” แม้ว่าปัจจุบันจะมีการตีความหมายของเพลงเปลี่ยนไปจากความหมายเดิมของผู้แต่ง แต่จากสัมภาษณ์ “พี่จิ้น” ได้กล่าวว่า ถึงจะตีความกันไปใหม่ก็ไม่เป็นไร แต่อยากให้ใช้เนื้อร้องที่ถูกต้องต่อไป
3.ตำนานเตียง
C มีเรื่องเล่ากันว่า ในคืนวันที่ ๒๔ กันยายน ปีหนึ่ง มีนักศึกษาแพทย์แห่งหนึ่ง ได้อ่านหนังสือแล้วหลับไปบนเตียง C จะด้วยเหตุอันใดก็ไม่อาจทราบได้ นักศึกษาคนนั้นก็นอนเสียชีวิตไปไม่ตื่นขึ้นมาอีก และด้วยเป็นวันมหิดล หลาย ๆ คณะ ก็มีการหยุดเรียนกัน ทำให้ไม่มีคนมาช่วยเหลือนักศึกษาคนนั้นได้ กว่าจะมีคนมาพบก็ล่วงไปหลายวันแล้ว หลังจากนั้นในวันมหิดลปีต่อ ๆ มา นักศึกษาคนนั้นก็มักจะปรากฎตัวที่เตียง C เตียงเดิมที่เขาเคยนอนเสียชีวิตอยู่หลายปี และมีอีกตำนานเล่าว่านักศึกษาคนนั้นถูกรถชนเสียชีวิตขณะเดินข้ามถนนเพื่อกลับมายังหอพัก แต่อาจจะยังไม่รู้ตัวว่าตัวเองเสียชีวิตแล้ว ก็กลับมายังห้องพัก และปรากฎตัวพร้อมกับเสื้อที่เต็มไปด้วยเลือดที่ เตียง C อันเป็นเตียงประจำที่นักศึกษาคนนั้น ส่วนเตียง C เตียงที่เกิดเหตุ จะเป็นเตียงที่อยู่ห้องไหน หอไหนนั้น ก็ต้องลองไปนอนกันดูกันนะ
4.อาจารย์ใหญ่
อาจารย์ใหญ่ เป็นการเรียกร่างไร้วิญญาณที่แต่ละท่านได้อุทิศร่างกายให้เป็นวิทยาทาน เพื่อนักศึกษาได้ศึกษาเกี่ยวกับร่างกายมนุษย์ ไม่ว่าจะเป็น นักศึกษาแพทย์ พยาบาล กายภาพบำบัด และคณะอื่นอีกหลายคณะ นักศึกษาจึงได้เรียกด้วยความยกย่องเป็นอาจารย์อีกท่านหนึ่ง ถึงกระนั้น ถ้าพูดถึงเรื่องที่เกี่ยวกับร่างไร้วิญญาณ ก็ใช่จะไม่มีวิญญาณติดตามมาด้วยเสมอไป เพราะบางครั้งนักศึกษาที่ใช้ร่างของอาจารย์ใหญ่ในการศึกษาอย่างเคารพ ก็ยังได้พบกับเรื่องลี้ลับมากมาย ไม่ว่าจะเป็นตึก SC ที่เป็นสถานที่ศึกษาอาจารย์ใหญ่ ก็มักมีลี้ลับเกิดขึ้นเสมอ เช่น เวลาที่ต้องทำแล๊ปกันในถึงเวลามืดค่ำ ทั้งนักศึกษาและอาจารย์จะรีบกลับกันเพราะมีเรื่องเล่าว่าพบเห็นร่างของคนเดินอยู่ในตึกเสมอ ๆ แต่ถ้าเป็นคนปกติก็ไม่เป็นอะไร แต่ที่เห็นกันคือคนที่ไม่มีเท้าสิ…. หรือจะเป็นเรื่องที่มีคนเห็นอาจารย์ใหญ่ลุกขึ้นจากเตียงมาเดินก็มี นอกจากนั้นยังมีเรื่องเล่าว่าในวันที่มีการพระราชทานเพลิงศพอาจารย์ใหญ่นั้น ห้ามเอาดอกไม้จันทน์กลับไปที่ห้องเด็ดขาด ไม่เช่นนั้นจะเป็นการเรียกดวงวิญญาณของอาจารย์ใหญ่กลับไปที่ห้องด้วยนั่นเอง